《黄帝内经》（以下简称《內经》）是我国现存最早而且包罗全面的中医经典著作，奠定了中医学的理论基础。《内经》近半数的篇幅论述针灸学的内容，尤其是《灵枢》所记载的针灸理论更为丰富而系统，其主要内容至今仍是针灸学的核心部分。《内经》对针灸的理论和应用有全面的论述，其中关于灸法的论述涉及36篇，内容虽然不是很多，但对艾灸理论基础的奠定和后世艾灸疗法的发展具有重要意义。现整理如下。
（一）灸法原则
根据经络气血虚实不同，辨证施灸。《素问通评虚实论》曰：“络满经虚，灸阴刺阳；经满络虚刺阴灸阳”。即指经络的分布走行各有处所，经行于里（阴）而络布于表（阳），由于经络邪正的盛衰不同，当辨证施以不同的灸法”。
根据六经气血的多少，精神情志的不同选用灸法。《素问?血气形志篇》云：“夫人之常数，太阳常多血少气，少阳常少血多气，阳明常多气多血，是谓五藏之俞，灸刺之度也”。形乐志苦，病生于脉，治之以灸刺，形苦志乐，病生于筋，治之以熨引。即是指出血气有多少，形志有苦乐，天人有常数，灸刺有常度。

（二）灸法作用
《内经》中所载灸法的应用十分广泛，能治疗多种疾病。《灵枢?官能》日：“针所不为，灸之所宜。”
1．温散寒邪
《素问?调经论》曰：“血气者，喜温而恶寒，寒则泣不能流，温则消而去之”。即可用灸法治疗寒邪为患，偏于阳虚诸证。
2．祛风和营
《素问?玉机真藏论》曰：“是故风者百病之长也，今风寒客于入，使人毫毛毕直，皮肤闭而为热，当是之时，可汗而发也；或痹不仁肿痛，当是之时，可烫熨及火灸刺而去之，弗治，肾传之心，病筋脉相引而急病名日契，当此之时，可灸可药”。《素问骨空论》日：“大风汗出，灸噫嘻”。风为百病之长，最易袭表，致腠理闭郁，营卫不和，此时用灸可以发散透泄，调和营卫，引邪外出。
3．行气活血祛瘀
《灵枢?刺节真邪》日：“治厥者，必先熨调和其经，掌与胶、肘与脚、项与脊以调之，火气已通血脉乃行，脉中之血，凝而留止，弗之火调，弗能取之”。即是指出血脉因寒气而凝结，运行涩滞不畅，必须先用温熨调和其经脉，在两掌、两腋、两肘、两脚，以及项与背脊等关节交会之处，施行熨灸，以行气活血祛瘀，待温热之气到处通达，再取穴进行针刺。
4．温阳固脱，补中益气
《灵枢?官能》云：“上气不足推而扬之，下气不足，积而从之，阴阳皆虚，火自当之，厥而寒甚，骨廉陷下，寒过于膝，下陵三里，阴络所过，得之留止，寒人于中，推而行之，经陷下者，火则当之，结络坚紧，火所治之”。即是凡遇大寒在里，或中气下陷以致阴阳俱虚的患者均用灸法。
5．灸治痈疸
《灵枢?痈疽》云：“发于肩及，名日疵痈，其状赤黑，急治之，此令人汗出至足，不害五脏，痈发四五日逞火芮之，发于胁，名日败疵，败疵者女子之病也，灸之，其病大痈脓，治之，其中乃有生肉，大如赤小豆，……”即是痈疽初期时可用灸法，使痈毒得以消散。
6．调气通经以治燕狂
《灵枢?癫狂》日：“治癫疾者，…灸穷骨二十壮，穷骨者，骶骨也，…脉癫疾者暴仆，四肢之脉皆胀而纵。脉满，尽刺之出血；不满，灸之挟太阳，灸带脉于腰相去三寸，诸分肉本输”。即指气机逆乱，气血失调所致的癫狂可用灸法治疗。
（三）灸法补泻
《内经》中详细描述了灸法补泻的操作方法。《灵枢?背腧》指出：“气盛则泻之，虚则补之，以火补者，毋吹其火，须自灭也，以火泻者，疾吹其火，传其艾，须其火灭也”。该篇详细描述了灸法补泻的操作方法，即根据艾火燃烧的速度之徐疾和火力之缓急来区分补泻。后世灸法补泻多以其为准。这种方法对后世灸法补泻的应用和发展产生了重要影响，一些医家在继承的基础上又有所发挥，如明代杨继洲描述为“以火补者，毋吹其火，须待自灭即按其穴；以火泻者，速吹其火，开其穴也”（《针灸大成》）。显然，杨氏在艾灸补泻的操作时受针刺开阖补的影响，对虚寒病证施行艾灸补法，艾灸结束时手按孔穴，使真气聚而不散，而外邪不得侵入，从而发挥温补作用；对实热病证，开泄牍理，引邪气随火气而散，不按孔穴，以泄邪气。

（四）灸法禁忌
灸虽能治病，但如运用不当，也有流弊。《素问?奇病论》指出：“病名曰息积，此不妨于食，不可灸刺。”《灵枢?终始》又云：“少气者，脉口人迎俱少而不称尺寸也，如是者，则阴阳俱不足，补阳则阴竭泻阴则阳脱，如是者，可将以甘药，不可饮以至剂如此者弗灸”。即久病不愈，阴阳俱虚的患者不宜用灸法，以免补其阳气，使属阴的五脏之气更趋衰竭，泻其病邪，使属阳的六腑之气更趋虚脱故此类患者当慎用灸法。
（五）艾灸疗法之壮数
施灸数量，原则上要足，以火足气至适度而止。灸量不足，火候不到，就达不到治疗目的。除了灸量充足而适度之外，还应根据患者的体质与年龄施灸部位、所患病情等因素确定灸量。

《灵枢?经水》日：“刺之深浅，灸之壮数，可得闻乎…其少长大小肥瘦，以心撩之，命日法天之常。灸之亦然。灸而过此者很恶火，则骨枯脉涩；刺而过此者，则脱气。”艾灸的壮数可以是治疗犬伤的三壮（《素问?骨空论》），也可以是治疗癫狂的二十壮（《灵枢?癫狂》），也可以随病程确定壮数（《素问·骨空论》）。《黄帝内经》中的论述虽不及针刺治疗详尽，但也说明，如施灸的量要以年为数，施灸要以少长大小肥瘦来区别对待等。

黄帝灸法

男妇虚劳，灸脐下三百壮。

男妇水肿，灸脐下五百壮。

阴疽骨蚀，灸脐下三百壮。

久患脾疟，灸命关五百壮。

肺伤寒，灸脐下三百壮。

气厥、尸厥，灸中脘五百壮。

缠喉风，灸脐下三百壮。

黄黑疸，灸命关二百壮。

急慢惊风，灸中脘四百壮。

老人二便不禁，灸脐下三百壮，老人气喘，灸脐下三百壮。

久患香港脚、灸涌泉穴五十壮。

产后血晕，灸中脘五十壮。

暑月腹痛，灸脐下三十壮。

鬼邪着人，灸巨阙五十壮、脐下三百壮。

妇人脐下或下部出脓水，灸脐下三百壮。

妇人无故风搐发昏，灸中脘五十壮。

久患伛偻不伸，灸脐俞一百壮。

鬼魇着人昏闷，灸前顶穴五十壮。

妇人半产，久则成虚劳水肿，急灸脐下三百壮。

死脉及恶脉见，急灸脐下五百壮。

妇人产后腹胀水肿，灸命关百壮、脐下三百壮。

肾虚面黑色，灸脐下五百壮。

呕吐不食，灸中脘五十壮。

妇人产后热不退，恐渐成痨瘵，急灸脐下三百壮。