该篇实验方法已经在Nature Plants文章“Ribosome stalling and SGS3 phase separation prime the epigenetic silencing of transposons”中验证过。原作者将该方法的详细版本发表在Bio-protocol期刊，欢迎大家进入Bio-protocol期刊直接与作者交流。

简 介

在这篇Bio-protocol文章中，来自中国科学院分子细胞科学卓越创新中心的Jungnam Cho研究组的研究人员为我们描述了从拟南芥幼苗中富集细胞质RNA颗粒（RGs）的技术工作流程。

亮 点

1. 该方法适用于其他任何具有强RGs形成的植物样品；

2. 该方法得出的RGs组分结果可通过RNA-seq和基于质谱的蛋白质组学方法进行进一步测试。

Figure 1. Scheme of RNA granule enrichment

背景介绍

RNA颗粒（RGs）是一种非膜相细胞结构，它与多种生物过程都息息相关。其中，应激颗粒（SGs）包含非翻译mRNA和各种RNA结合蛋白，作为 mRNA 的分类位点用于储存、翻译重新启动或降解。数个研究表明从转座子而来的siRNA在siRNA体中产生，这通常与SGs相关。与此一致，作者团队最新的工作成果首次在植物中发现SGs含有弱翻译RNA，其中大部分来自于转座子。

鉴于RGs在各种生物过程中的重要性和普遍性，鉴定其RNA和蛋白质成分是了解RGs介导控制基因表达的关键第一步。因此，作者在这里描述了一种从拟南芥幼苗中富集RGs的通用方法。

步骤节选

step A. Overview

step B. Plant preparation

step C. RNA granule enrichment

1. Grind 2 g of seedlings into a fine powder in liquid nitrogen using a precooled mortar and pestle.

2. Collect the samples (approximately 5 ml) into a 50 ml tube and resuspend in 5 ml of RG lysis buffer (see Recipe 3).

3. Filter the resulting slurry through four layers of Miracloth in a funnel to a 50 ml conical tube and centrifuge at 850 g for 5 min at 4 C to pellet cell debris.

4. Transfer the supernatant to a new 50 ml tube and add 5 ml of RG lysis buffer.

5. Centrifuge at 4,000 g for 10 min at 4 C and discard the supernatant.

6. Resuspend the pellet in 2 ml of RG lysis buffer. Centrifuge at 18,000 g for 10 min at 4 C.

7. Resuspend the pellet in 2 ml of RG lysis buffer, vortex, and centrifuge at 18,000 g at 4 C for 10 min.

8. Discard the supernatant and resuspend the pellets gently in 1 ml of RG lysis buffer. Centrifuge at 850 g for 10 min at 4 C.

9. Transfer the supernatant (enriched with RGs) into a 1.5 ml microcentrifuge tube without disturbing any residue and keep it in a freezer until use.

step D. RNA analysis

The final RG fraction resulting from the protocol described above can be subjected to regular RNA extraction and subsequently tested for either targeted RNA analyses using RT-qPCR or transcriptome-wide profiling with RNA-seq.

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原文链接：https://s.bio-protocol.org/70a94e82b175da83

Bio-protocol 简介

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