手把手教你用 NebulaGraph AI 全家桶跑图算法

前段时间 NebulaGraph 3.5.0 发布,@**whitewum** 吴老师建议我把前段时间 NebulaGraph 社区里开启的新项目 ng_ai 公开给大家。

所以,就有了这个系列文章,本文是该系列的开篇之作。

ng_ai 是什么

ng_ai 的全名是:Nebulagraph AI Suite,顾名思义,它是在 NebulaGraph 之上跑算法的 Python 套件,希望能给 NebulaGraph 的用户一个自然、简洁的高级 API。简单来说,用很少的代码量就可以执行图上的算法相关的任务。

ng_ai 这个开源项目的目标是,快速迭代、公开讨论、持续演进,一句话概述便是:

Simplifying things in surprising ways.

这个 ng_ai 的专属 url:https://github.com/wey-gu/nebulagraph-ai 可以帮你了解更全面的它。

ng_ai 的特点

为了让 NebulaGraph 社区的小伙伴拥有顺滑的算法体验,ng_ai 有以下特点:

你可以这么用 ng_ai

跑分布式 PageRank 算法

可以在一个大图上,基于 nebula-algorithm 分布式地跑 PageRank 算法,像是这样:

from ng_ai import NebulaReader

# scan 模式,通过 Spark 引擎读取数据
reader = NebulaReader(engine="spark")
reader.scan(edge="follow", props="degree")
df = reader.read()

# 运行 PageRank 算法
pr_result = df.algo.pagerank(reset_prob=0.15, max_iter=10)

写回算法结果到 NebulaGraph

假设我们要跑一个 Label Propagation 算法,然后把结果写回 NebulaGraph,我们可以这么做:

先确保结果中要写回图数据库的数据 Schema 已经创建好了,像是下面的示例,便是写到 label_propagation.cluster_id 字段里:

CREATE TAG IF NOT EXISTS label_propagation (
    cluster_id string NOT NULL
);

下面,我们来看下具体流程。执行算法:

df_result = df.algo.label_propagation()

再看一下结果的 Schema:

df_result.printSchema()

root
 |-- _id: string (nullable = false)
 |-- lpa: string (nullable = false)

参考下面的代码,把 lpa 的结果写回 NebulaGraph 中的 cluster_id 字段里({"lpa": "cluster_id"}):

from ng_ai import NebulaWriter
from ng_ai.config import NebulaGraphConfig

config = NebulaGraphConfig()
writer = NebulaWriter(
    data=df_result, sink="nebulagraph_vertex", config=config, engine="spark"
)

# 将 lpa 同 cluster_id 进行映射
properties = {"lpa": "cluster_id"}

writer.set_options(
    tag="label_propagation",
    vid_field="_id",
    properties=properties,
    batch_size=256,
    write_mode="insert",
)
# 将数据写回到 NebulaGraph
writer.write()

最后,验证一下:

USE basketballplayer;
MATCH (v:label_propagation)
RETURN id(v), v.label_propagation.cluster_id LIMIT 3;

结果:

+-------------+--------------------------------+
| id(v)       | v.label_propagation.cluster_id |
+-------------+--------------------------------+
| "player103" | "player101"                    |
| "player113" | "player129"                    |
| "player121" | "player129"                    |
+-------------+--------------------------------+

更详细的例子参考:ng_ai/examples

通过 nGQL 调用算法

自 NebulaGraph v3.5.0 开始,用户可从 nGQL 中调用自己实现的函数。而 ng_ai 也用这个能力来实现了一个自己的 ng_ai 函数,让它从 nGQL 中调用 ng_ai 的算法,例如:

-- 准备将要写入数据的 Schema
USE basketballplayer;
CREATE TAG IF NOT EXISTS pagerank(pagerank string);
:sleep 20;
-- 回调 ng_ai()
RETURN ng_ai("pagerank", ["follow"], ["degree"], "spark", {space: "basketballplayer", max_iter: 10}, {write_mode: "insert"})

更详细的例子参考:ng_ai/examples

单机运行算法

在单机、本地的环境,ng_ai 支持基于 NetworkX 运行算法。

举个例子,读取图为 ng_ai graph 对象:

from ng_ai import NebulaReader
from ng_ai.config import NebulaGraphConfig

# query 模式,通过 NebulaGraph 或是 NetworkX 引擎读取数据
config_dict = {
    "graphd_hosts": "graphd:9669",
    "user": "root",
    "password": "nebula",
    "space": "basketballplayer",
}
config = NebulaGraphConfig(**config_dict)
reader = NebulaReader(engine="nebula", config=config)
reader.query(edges=["follow", "serve"], props=[["degree"], []])
g = reader.read()

查看、画图:

g.show(10)
g.draw()

运行算法:

pr_result = g.algo.pagerank(reset_prob=0.15, max_iter=10)

写回 NebulaGraph:

from ng_ai import NebulaWriter

writer = NebulaWriter(
    data=pr_result,
    sink="nebulagraph_vertex",
    config=config,
    engine="nebula",
)

# 待写入的属性
properties = ["pagerank"]

writer.set_options(
    tag="pagerank",
    properties=properties,
    batch_size=256,
    write_mode="insert",
)
# 将数据写回到 NebulaGraph
writer.write()

其他算法:

# 获取所有算法
g.algo.get_all_algo()

# 获取相关算法的帮助信息
help(g.algo.node2vec)

# 调用算法
g.algo.node2vec()

更详细的例子参考:ng_ai/examples

可视化图算法结果

这里演示一个 NetworkX 引擎情况下,计算 Louvain、PageRank 并可视化的例子:

先执行两个图算法:

pr_result = g.algo.pagerank(reset_prob=0.15, max_iter=10)
louvain_result = g.algo.louvain()

再手写一个画图好看的函数:

from matplotlib.colors import ListedColormap


def draw_graph_louvain_pr(G, pr_result, louvain_result, colors=["#1984c5", "#22a7f0", "#63bff0", "#a7d5ed", "#e2e2e2", "#e1a692", "#de6e56", "#e14b31", "#c23728"]):
    # 设定节点的位置
    pos = nx.spring_layout(G)

    # 新建一个图形并设置坐标轴
    fig, ax = plt.subplots(figsize=(35, 15))
    ax.set_xlim(-1, 1)
    ax.set_ylim(-1, 1)

    # 从颜色列表中创建一个 colormap
    cmap = ListedColormap(colors)

    # 将图中的节点和边进行绘图
    node_colors = [louvain_result[node] for node in G.nodes()]
    node_sizes = [70000 * pr_result[node] for node in G.nodes()]
    nx.draw_networkx_nodes(G, pos=pos, ax=ax, node_color=node_colors, node_size=node_sizes, cmap=cmap, vmin=0, vmax=max(louvain_result.values()))

    nx.draw_networkx_edges(G, pos=pos, ax=ax, edge_color='gray', width=1, connectionstyle='arc3, rad=0.2', arrowstyle='-|>', arrows=True)

    # 提取边数据中的 label 数据作为字典
    edge_labels = nx.get_edge_attributes(G, 'label')

    # 在图中加入边的 label 数据
    for edge, label in edge_labels.items():
        ax.text((pos[edge[0]][0] + pos[edge[1]][0])/2,
                (pos[edge[0]][1] + pos[edge[1]][1])/2,
                label, fontsize=12, color='black', ha='center', va='center')

    # 在图中加入点的 label 数据
    node_labels = {n: G.nodes[n]['label'] if 'label' in G.nodes[n] else n for n in G.nodes()}
    nx.draw_networkx_labels(G, pos=pos, ax=ax, labels=node_labels, font_size=12, font_color='black')

    # 为同社区数据添加相同颜色
    sm = plt.cm.ScalarMappable(cmap=cmap, norm=plt.Normalize(vmin=0, vmax=max(louvain_result.values())))
    sm.set_array([])
    cbar = plt.colorbar(sm, ax=ax, ticks=range(max(louvain_result.values()) + 1), shrink=0.5)
    cbar.ax.set_yticklabels([f'Community {i}' for i in range(max(louvain_result.values()) + 1)])

    # 数据展示
    plt.show()

draw_graph_louvain_pr(G, pr_result=pr_result, louvain_result=louvain_result)

效果如下所示:

更详细的例子参考:ng_ai/examples

更方便的 Notebook 操作 NebulaGraph

结合 NebulaGraph 的 Jupyter Notebook 插件: https://github.com/wey-gu/ipython-ngql,我们还可以更便捷地操作 NebulaGraph:

可通过 ng_ai 的 extras 在 Jupyter Notbook 中安装插件:

%pip install ng_ai[jupyter]
%load_ext ngql

当然,也可以单独安装插件:

%pip install ipython-ngql
%load_ext ngql

安装完成后,就可以在 Notebook 里直接使用 %ngql 命令来执行 nGQL 语句:

%ngql --address 127.0.0.1 --port 9669 --user root --password nebula
%ngql USE basketballplayer;
%ngql MATCH (v:player{name:"Tim Duncan"})-->(v2:player) RETURN v2.player.name AS Name;

注,多行的 Query 用两个百分号就好了 %%ngql

最后,我们还能在 Jupyter Notebook 里直接可视化渲染结果!只需要 %ng_draw 就可以啦!

%ngql match p=(:player)-[]->() return p LIMIT 5
%ng_draw

效果如下:

未来工作

现在 ng_ai 还在开发中,我们还有很多工作要做:

model = g.algo.gnn_link_prediction()
result = model.train()
# query src, dst to be predicted

model.predict(src_vertex, dst_vertices)

ng_ai 完全 build in public,欢迎社区的大家们来参与,一起来完善 ng_ai,让 NebulaGraph 上的 AI 算法更加简单、易用!

试玩 ng_ai

我们已经准备好了一键部署的 NebulaGraph + NebulaGraph Studio + ng_ai in Jupyter 的环境,只需要大家从 Docker Desktop 的 Extension(扩展)中搜索 NebulaGraph,就可以试玩了。

在 Docker Desktop 的插件市场搜索 NebulaGraph,点击安装:

进入 NebulaGraph 插件,点击 Install NX Mode,安装 ng_ai 的 NetworkX Playground,通常要等几分钟等待安装完成。

点击 Jupyter NB NetworkX,进入 NetworkX Playground。

ng_ai 的架构

ng_ai 的架构如下,它的核心模块有:

此外,为了支持 nGQL 中的调用,还有两个模块:

           
              Spark Cluster                                    
               . .    . .    . .    . .        
              ;       :  ;       :  ;       :  ;       :       
           :       ;  :       ;  :       ;  :       ;       
                                                               
                ` '      ` '      ` '      ` '         
  Algo Spark                                                   
    Engine 
           
                                                                        
              NebulaGraph AI Suite(ngai)                         ngai-api  
                                                                              
                                                                   
                                               
                  Reader        Algo        Writer       GNN                  
                                      
                                                                              
                                       
                                                                              
                           
             SparkEngine     NebulaEngine     NetworkX     DGLEngine       
                           
              
                              Spark                                           
                      Reader                              
    Spark                   Query Mode                                        
    Reader                                                                    
  Scan Mode                                                              
            ngai-udf 
                                                                                        
             NebulaGraph Graph Engine         Nebula-GraphD       ngai-GraphD                     
                          
                                                                                                  
             NebulaGraph Storage Engine                                                           
                                                                                                  
          Nebula-StorageD                  Nebula-Metad                                        
                                                                                                  
                                              
                                                                                                  
          
        RETURN ng_ai("pagerank", ["follow"], ["degree"], "spark", {space:"basketballplayer"})  
       
     
      from ng_ai import NebulaReader                               
                                                                   
      # read data with spark engine, scan mode                     
      reader = NebulaReader(engine="spark")                        
      reader.scan(edge="follow", props="degree")                   
   df = reader.read()                                           
                                                                   
      # run pagerank algorithm                                     
      pr_result = df.algo.pagerank(reset_prob=0.15, max_iter=10)   
                                                                   
       

谢谢你读完本文 (/// ///)

欢迎前往 GitHub 来阅读 NebulaGraph 源码,或是尝试用它解决你的业务问题 yo~ GitHub 地址:https://github.com/vesoft-inc/nebula

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标签:算法   手把手   节点   函数   全家   插件   模块   例子   引擎   数据   详细   社区

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