前段时间 NebulaGraph 3.5.0 发布,@**whitewum** 吴老师建议我把前段时间 NebulaGraph 社区里开启的新项目 ng_ai 公开给大家。
所以,就有了这个系列文章,本文是该系列的开篇之作。
ng_ai 的全名是:Nebulagraph AI Suite,顾名思义,它是在 NebulaGraph 之上跑算法的 Python 套件,希望能给 NebulaGraph 的用户一个自然、简洁的高级 API。简单来说,用很少的代码量就可以执行图上的算法相关的任务。
ng_ai 这个开源项目的目标是,快速迭代、公开讨论、持续演进,一句话概述便是:
Simplifying things in surprising ways.
这个 ng_ai 的专属 url:https://github.com/wey-gu/nebulagraph-ai 可以帮你了解更全面的它。
为了让 NebulaGraph 社区的小伙伴拥有顺滑的算法体验,ng_ai 有以下特点:
可以在一个大图上,基于 nebula-algorithm 分布式地跑 PageRank 算法,像是这样:
from ng_ai import NebulaReader
# scan 模式,通过 Spark 引擎读取数据
reader = NebulaReader(engine="spark")
reader.scan(edge="follow", props="degree")
df = reader.read()
# 运行 PageRank 算法
pr_result = df.algo.pagerank(reset_prob=0.15, max_iter=10)
假设我们要跑一个 Label Propagation 算法,然后把结果写回 NebulaGraph,我们可以这么做:
先确保结果中要写回图数据库的数据 Schema 已经创建好了,像是下面的示例,便是写到 label_propagation.cluster_id 字段里:
CREATE TAG IF NOT EXISTS label_propagation (
cluster_id string NOT NULL
);
下面,我们来看下具体流程。执行算法:
df_result = df.algo.label_propagation()
再看一下结果的 Schema:
df_result.printSchema()
root
|-- _id: string (nullable = false)
|-- lpa: string (nullable = false)
参考下面的代码,把 lpa 的结果写回 NebulaGraph 中的 cluster_id 字段里({"lpa": "cluster_id"}):
from ng_ai import NebulaWriter
from ng_ai.config import NebulaGraphConfig
config = NebulaGraphConfig()
writer = NebulaWriter(
data=df_result, sink="nebulagraph_vertex", config=config, engine="spark"
)
# 将 lpa 同 cluster_id 进行映射
properties = {"lpa": "cluster_id"}
writer.set_options(
tag="label_propagation",
vid_field="_id",
properties=properties,
batch_size=256,
write_mode="insert",
)
# 将数据写回到 NebulaGraph
writer.write()
最后,验证一下:
USE basketballplayer;
MATCH (v:label_propagation)
RETURN id(v), v.label_propagation.cluster_id LIMIT 3;
结果:
+-------------+--------------------------------+
| id(v) | v.label_propagation.cluster_id |
+-------------+--------------------------------+
| "player103" | "player101" |
| "player113" | "player129" |
| "player121" | "player129" |
+-------------+--------------------------------+
更详细的例子参考:ng_ai/examples
自 NebulaGraph v3.5.0 开始,用户可从 nGQL 中调用自己实现的函数。而 ng_ai 也用这个能力来实现了一个自己的 ng_ai 函数,让它从 nGQL 中调用 ng_ai 的算法,例如:
-- 准备将要写入数据的 Schema
USE basketballplayer;
CREATE TAG IF NOT EXISTS pagerank(pagerank string);
:sleep 20;
-- 回调 ng_ai()
RETURN ng_ai("pagerank", ["follow"], ["degree"], "spark", {space: "basketballplayer", max_iter: 10}, {write_mode: "insert"})
更详细的例子参考:ng_ai/examples
在单机、本地的环境,ng_ai 支持基于 NetworkX 运行算法。
举个例子,读取图为 ng_ai graph 对象:
from ng_ai import NebulaReader
from ng_ai.config import NebulaGraphConfig
# query 模式,通过 NebulaGraph 或是 NetworkX 引擎读取数据
config_dict = {
"graphd_hosts": "graphd:9669",
"user": "root",
"password": "nebula",
"space": "basketballplayer",
}
config = NebulaGraphConfig(**config_dict)
reader = NebulaReader(engine="nebula", config=config)
reader.query(edges=["follow", "serve"], props=[["degree"], []])
g = reader.read()
查看、画图:
g.show(10)
g.draw()
运行算法:
pr_result = g.algo.pagerank(reset_prob=0.15, max_iter=10)
写回 NebulaGraph:
from ng_ai import NebulaWriter
writer = NebulaWriter(
data=pr_result,
sink="nebulagraph_vertex",
config=config,
engine="nebula",
)
# 待写入的属性
properties = ["pagerank"]
writer.set_options(
tag="pagerank",
properties=properties,
batch_size=256,
write_mode="insert",
)
# 将数据写回到 NebulaGraph
writer.write()
其他算法:
# 获取所有算法
g.algo.get_all_algo()
# 获取相关算法的帮助信息
help(g.algo.node2vec)
# 调用算法
g.algo.node2vec()
更详细的例子参考:ng_ai/examples
这里演示一个 NetworkX 引擎情况下,计算 Louvain、PageRank 并可视化的例子:
先执行两个图算法:
pr_result = g.algo.pagerank(reset_prob=0.15, max_iter=10)
louvain_result = g.algo.louvain()
再手写一个画图好看的函数:
from matplotlib.colors import ListedColormap
def draw_graph_louvain_pr(G, pr_result, louvain_result, colors=["#1984c5", "#22a7f0", "#63bff0", "#a7d5ed", "#e2e2e2", "#e1a692", "#de6e56", "#e14b31", "#c23728"]):
# 设定节点的位置
pos = nx.spring_layout(G)
# 新建一个图形并设置坐标轴
fig, ax = plt.subplots(figsize=(35, 15))
ax.set_xlim(-1, 1)
ax.set_ylim(-1, 1)
# 从颜色列表中创建一个 colormap
cmap = ListedColormap(colors)
# 将图中的节点和边进行绘图
node_colors = [louvain_result[node] for node in G.nodes()]
node_sizes = [70000 * pr_result[node] for node in G.nodes()]
nx.draw_networkx_nodes(G, pos=pos, ax=ax, node_color=node_colors, node_size=node_sizes, cmap=cmap, vmin=0, vmax=max(louvain_result.values()))
nx.draw_networkx_edges(G, pos=pos, ax=ax, edge_color='gray', width=1, connectionstyle='arc3, rad=0.2', arrowstyle='-|>', arrows=True)
# 提取边数据中的 label 数据作为字典
edge_labels = nx.get_edge_attributes(G, 'label')
# 在图中加入边的 label 数据
for edge, label in edge_labels.items():
ax.text((pos[edge[0]][0] + pos[edge[1]][0])/2,
(pos[edge[0]][1] + pos[edge[1]][1])/2,
label, fontsize=12, color='black', ha='center', va='center')
# 在图中加入点的 label 数据
node_labels = {n: G.nodes[n]['label'] if 'label' in G.nodes[n] else n for n in G.nodes()}
nx.draw_networkx_labels(G, pos=pos, ax=ax, labels=node_labels, font_size=12, font_color='black')
# 为同社区数据添加相同颜色
sm = plt.cm.ScalarMappable(cmap=cmap, norm=plt.Normalize(vmin=0, vmax=max(louvain_result.values())))
sm.set_array([])
cbar = plt.colorbar(sm, ax=ax, ticks=range(max(louvain_result.values()) + 1), shrink=0.5)
cbar.ax.set_yticklabels([f'Community {i}' for i in range(max(louvain_result.values()) + 1)])
# 数据展示
plt.show()
draw_graph_louvain_pr(G, pr_result=pr_result, louvain_result=louvain_result)
效果如下所示:
更详细的例子参考:ng_ai/examples
结合 NebulaGraph 的 Jupyter Notebook 插件: https://github.com/wey-gu/ipython-ngql,我们还可以更便捷地操作 NebulaGraph:
可通过 ng_ai 的 extras 在 Jupyter Notbook 中安装插件:
%pip install ng_ai[jupyter]
%load_ext ngql
当然,也可以单独安装插件:
%pip install ipython-ngql
%load_ext ngql
安装完成后,就可以在 Notebook 里直接使用 %ngql 命令来执行 nGQL 语句:
%ngql --address 127.0.0.1 --port 9669 --user root --password nebula
%ngql USE basketballplayer;
%ngql MATCH (v:player{name:"Tim Duncan"})-->(v2:player) RETURN v2.player.name AS Name;
注,多行的 Query 用两个百分号就好了 %%ngql
最后,我们还能在 Jupyter Notebook 里直接可视化渲染结果!只需要 %ng_draw 就可以啦!
%ngql match p=(:player)-[]->() return p LIMIT 5
%ng_draw
效果如下:
现在 ng_ai 还在开发中,我们还有很多工作要做:
model = g.algo.gnn_link_prediction()
result = model.train()
# query src, dst to be predicted
model.predict(src_vertex, dst_vertices)
ng_ai 完全 build in public,欢迎社区的大家们来参与,一起来完善 ng_ai,让 NebulaGraph 上的 AI 算法更加简单、易用!
我们已经准备好了一键部署的 NebulaGraph + NebulaGraph Studio + ng_ai in Jupyter 的环境,只需要大家从 Docker Desktop 的 Extension(扩展)中搜索 NebulaGraph,就可以试玩了。
在 Docker Desktop 的插件市场搜索 NebulaGraph,点击安装:
进入 NebulaGraph 插件,点击 Install NX Mode,安装 ng_ai 的 NetworkX Playground,通常要等几分钟等待安装完成。
点击 Jupyter NB NetworkX,进入 NetworkX Playground。
ng_ai 的架构如下,它的核心模块有:
此外,为了支持 nGQL 中的调用,还有两个模块:
Spark Cluster
. . . . . . . .
; : ; : ; : ; :
: ; : ; : ; : ;
` ' ` ' ` ' ` '
Algo Spark
Engine
NebulaGraph AI Suite(ngai) ngai-api
Reader Algo Writer GNN
SparkEngine NebulaEngine NetworkX DGLEngine
Spark
Reader
Spark Query Mode
Reader
Scan Mode
ngai-udf
NebulaGraph Graph Engine Nebula-GraphD ngai-GraphD
NebulaGraph Storage Engine
Nebula-StorageD Nebula-Metad
RETURN ng_ai("pagerank", ["follow"], ["degree"], "spark", {space:"basketballplayer"})
from ng_ai import NebulaReader
# read data with spark engine, scan mode
reader = NebulaReader(engine="spark")
reader.scan(edge="follow", props="degree")
df = reader.read()
# run pagerank algorithm
pr_result = df.algo.pagerank(reset_prob=0.15, max_iter=10)
谢谢你读完本文 (/// ///)
欢迎前往 GitHub 来阅读 NebulaGraph 源码,或是尝试用它解决你的业务问题 yo~ GitHub 地址:https://github.com/vesoft-inc/nebula
页面更新:2024-03-02
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