乾隆统一新疆后，在不同的地域设立了伯克、札萨克、州县、驻防将军、驻防大臣等制度，行成了不同于内地省份“督抚制”的管理办法，采取了军政合一的行政管理制度——军府制，统辖天山南北。

何为军府制？

新疆疆域辽阔，有内地几个省大，而且又是蒙古族、回族、汉族等民族聚居区，文化信仰方面较为复杂，所以不能像内地那样进行管理。军府制就是这一背景下产生的。

军府制度就是将全疆划分为伊犁、乌鲁木齐、塔尔巴哈台、喀什噶尔四大军政区，各区都设有专辖一区的军政长官，其最高军政建制就是“伊犁将军府”，天山北路的伊犁军政区和塔尔巴哈台军政区是伊犁将军的直辖地。

伊犁将军在清代所有驻防将军中辖地是最辽阔的，除了直辖的伊犁参赞大臣和塔尔巴哈台参赞大臣受伊犁将军节制外，乌鲁木齐都统、总理回疆事务参赞大臣等长官也受其节制。

此外，伊犁将军还统领各地驻防、换防满营、锡伯营、索伦营、察哈尔营、额鲁特营、绿营等官兵，兼理外藩事务，为新疆最高军政长官。

乌鲁木齐都统虽然名义上受伊犁将军节制，但都统与将军同为一个驻防级别，且乌鲁木齐都统下属的驻防兵力、军政事务也与伊犁将军基本相同，为东路最高军政长官，实际上地位论地位与伊犁将军不相上下。

喀什噶尔军政区是总理回疆事务参赞大臣的管辖区域，辖区包括喀喇沙尔、库车、乌什、阿克苏、叶尔羌、和阗、英吉沙尔、喀什噶尔八城，各城设办事大臣管理事务。总理回疆事务参赞大臣是管理回疆各城事务的最高军政长官，由于驻地在喀什噶尔，故而通常又称为“喀什噶尔参赞大臣”。

新疆三种不同的民政管理系统

一是伯克制。乾隆统一新疆后，因地制俗先后任命了31个城镇地区，大小260余名伯克，各级伯克各取其名，各司其事。根据官方政书的记载，经改革之后被保留下来的伯克职名有35种，其中主要的有15种，如阿奇木伯克、伊沙罕伯克等。

为加强中央集权，减少乃至消除可能产生的离心倾向，朝廷对伯克制度进行了改良，废除了旧有的伯克世袭制，由朝廷任免升调，选任标准强调对清王朝的效忠态度，对统一战争中立有军功者，守封爵秩优先。

按照规定，“回疆三品至五品伯克缺出，由参赞大臣拟定正陪，奏请补放；六品以下伯克缺出，由各该城大臣呈报参赞，咨部补放。”

伯克的品级从三品至七品不等，按照各自的品级享受规定数量的养廉地、农民以及养廉银。各城伯克均受当地驻扎大臣节制。

经过改革之后，原先的伯克从世袭制的地方部落贵族，转化为非世袭的地方官吏，名为伯克，实际上与内地的州县官并无本质区别。

二是札萨克制。札萨克是清王朝在漠南、漠北蒙古各部广泛实行的一种管理体制。蒙古部众编旗设佐领，每旗设札萨克一人为总管，即旗长。一旗或数旗合为一盟，设立盟长。

札萨克是可以世袭的，对所辖本部事务有较充分的自由权，但其爵位官职仍须得到朝廷的任命，并服从理藩院的管理。

札萨克制在实行最早的是哈密、吐鲁番地区。康熙三十六年，诏封哈密回王额贝都拉为札萨克一等达尔汗，并编旗制，均各为一旗。

清政府对哈密、吐鲁番札萨克的册封，主要是基于这两处封建主率先投附朝廷的政治态度，带有明显的褒奖色彩。统一新疆后，乾隆仍在卫拉特蒙古诸部实行札萨克制。此外，在布鲁特、哈萨克等游牧地区实行札萨克制，封王赐爵，委署各部落头领管理内部事务。

各部札萨克王、贝勒、贝子、台吉，均受朝廷各路大臣节制，但彼此互不统辖，重大事务则要报请伊犁将军等官员处理。

三是州县制度。乾隆三十六年，在巴里坤设“镇西府”，下辖宜禾县，改乌鲁木齐为“迪化州”，设昌吉县，均归镇西府管辖。

不久将巴里坤道移驻乌鲁木齐巩宁城，设“镇迪道”，升迪化州为直隶州，领昌吉、阜康、绥来三县；以镇西府镇宜禾、奇台二县，吐鲁番、哈密二厅；又设库尔喀喇乌苏、精河、喀喇巴尔噶逊粮员各一，北疆州县体制至此大备。

需要注意的是，镇迪道以及所属州县采取的是“双重领导制”，一方面在建置上按照内地的办法将其划入甘肃省，由陕甘总督辖制；另一方面在行政上又命乌鲁木齐都统管理。

新疆地区由于管理体制复杂，即便御史将不同情况分别列出，可能也有不少读者仍是觉得有云里雾里的感觉。通俗地说，就是将新疆分为北路、南路和东路三大块，北路属于典型的八旗驻防性质；南路属于朝廷直管、地方部落首领共管性质；而东路则大致与内地省份相似。